【Stage6——人造惑星】
Pallate：“Zero，听见了吗？人造惑星内部有防卫加农炮，你们要小心那些激光，另外，因为是失重，身体会不受控制地漂浮，那么，请小心。”（Mission Start）
（通过激光阵之后，进入中BOSS房间，场景变换成宇宙，遭遇中BOSS：UFO，
打败它之后UFO会消失，场景会变回惑星，
继续前进，突破隐形石块阵之后）
Pallate：“Zero，听见了吗？要到达前方必须用那些传送黑洞了，你们可以用那些传送黑洞到达前面。”
（用传送黑洞，到达前方的房间里，场景突然变化，变成X8时的Sigma神殿）
Sigma：“又见面了，Zero…在旧世界快将完结的时候，我们重遇了！Zero…利用DNA得到的病毒，便是如何成为极之可恶的破坏者，侵略地球的最大关键…一开始便知道将会是世界灭亡的时刻，即将来临了！”
Zero：“还是那么多废话啊，Sigma…”
Sigma：“Zero，别生气…我应该感谢你才对吧…这样，新型Repliloid，我的孩子们才能继承我的意志，开拓出新世界!”
Zero：“未来没有你的孩子。”
Sigma：“没有吗？看着吧，Jacob计划创造出的拥有复制芯片能力的新型Repliloid一定会取代你们的！现在开始，只有我才能主宰整个世界！Zero！跟这世界一同灭亡吧！”
（Warning）
(若被他打败)
Sigma：“无希望了，你们一直保护的世界，已经掌握在我手中了，快消失罢了！哈哈哈哈…让我毁灭你们吧！”
（打败他后）
Sigma：“呜啊！不可能……身为新世代领袖的我怎么会……毁灭……你这家伙……旧世界……呜啊啊啊啊啊——！！！！！！”（大爆炸）
（场景变幻回惑星）
无限水蚤：“Zero！小心！呜啊！”（和Zero一起被传送到X6的武器工场）
Zero：“到底，是怎么回事……时间好像……？”
无限水蚤：“呃啊！Zero！快！快打倒我！”
Zero：“怎么回事，我也感觉好奇怪……”
无限水蚤：“一定是我们的时间在倒退，这样下去的话……我们都会异常化的！”
Zero：“呃…不行，我不能……”
无限水蚤：“Zero！快打倒我吧！呃……异常者！我根本还没测试过它！而且我一直想让那些脑残的‘专家’和它一起毁灭…！受死吧！！”
Zero：“果然，这是那时候的……”（Warning）
（若被他打败）
无限水蚤：“妨碍我们计划的异常者，统统都要清除！”
（打败它后，场景变换回惑星）
无限水蚤：“Z、Zero…我刚刚……”
Zero：“没事，也许你太累了，先回去休息吧！”
无限水蚤：“那么，这里就交给你了。”（离开）
Zero：“用这种伎俩，就想让我们再次变回Irregular吗？给我出来！”
Hermes：“哼哼哼…让我唤醒了过去的你们，感觉如何？”
Zero：“就是你这家伙让人造惑星偏离轨道的吗？”
Hermes：“当然…被这颗惑星撞击，就是地球的未来啊！”
Zero：“胡说！你要再不住手，那我就打倒你！”
Hermes：“真是的，怎么这么凶嘛。就让我‘虚无之Uranus’的Hermes，把你抛向时空的尽头吧！”（Warning）
（若被他打败）
Hermes：“真没劲呐…要是当时你毁灭了整个星球的话，就不会有现在这么多问题了。对了！那样的话，我就回去助你一臂之力吧！啊哈哈哈哈！”
（打败他后）
Hermes：“呃…你……居然……没有迷失在……时空里……但我……不会再……给你……机会……只要……改变……历史……你就会……消……失……呜啊啊啊啊——！”（大爆炸）
Pallate：“惑星的控制室就在前方，只要修改电脑里的轨道设定就可以了。”
Zero：“了解！”
（进入前方的控制室内，走上前和电脑对话）
电脑：“人造惑星为您服务，要更改轨道参数吗？”
（选‘是’进入更改，之后把镜头调到正确的线路上，按确定）
电脑：“惑星轨道调整完毕。”
Pallate：“好极了，Zero！这样一来，人造惑星和地球就都解除危机了，先回基地来吧！”
（Mission Complete）
【Zero 得到 Hermes 的 轮回转生（Rinnnenntennsei）】
【X 得到 Hermes 的 平行宇宙（Hollow Multiverse）】
（剧情）
【Irregular Hunter HQ：指令室】
（屏幕传来修复员的SOS讯息）
修复员：“大、大事不妙了！Dynamo他…袭击了修复室！请求支援，呜啊——！！！”
（通讯结束）
Zero：“糟了！”
X：“Axl！”
（来到修复室，见到凌乱的场景，还有被破坏的胶囊和设施）
X：“Zero！那是…？！”
Zero：“居然破坏成这样了……”
Dynamo：“哼，你们这群垃圾。”
Zero：“Dynamo！你打算把Axl带去哪里？！”
Dynamo：“有必要回答你们吗？我还有事，就不奉陪了，告辞！”（扛着Axl，离开）
Zero：“可恶！我们必须尽快追上他们！”
X：“Zero，冷静点！也许Alia她们会监测到他们的动向的。”
Zero：“………………”
【Genesis研究所：所长室】
Dynamo：“教授，我把Axl带来了。”
Abel：“辛苦你了，Dynamo。这样一来，新世代Repliloid的原型机，就掌握在我手中了，哼哼哼…”
Dynamo：“要是Zero也得到手的话，那么整个世界，不，整个宇宙……”
Abel：“需要那样的古董做什么？”
Dynamo：“什么？”
Abel：“只要有Axl就够了。”
【Stage7——广播电塔】
Alia：“Zero，我们怀疑最上面的录音室就是异常信号源，另外，守卫们似乎已经注意到你们了，要小心那些探照灯。”（Mission Start）
（注意别让探照灯照到，一旦被照到，就会有大量守卫出来，
小心避开那些探照灯之后，一直往上，进入中BOSS房间）
Zero：“冰天雪狼？”
冰天雪狼：“Zero，我们决斗吧！”（Warning）
(若被他打败)
冰天雪狼：“为了Abel教授的新世界，嗷嗷嗷嗷嗷嗷嗷！”
（打败他后）
Zero：“看来是干扰电波搞得鬼，你还好吗？”
冰天雪狼：“嗯，这里的电波太强了，这样下去可不行…那么，就交给你了。”（离开）
（走出中BOSS房间，继续向上，到达BOSS房间）
Metis：“（唱）谁も皆 胸の奥に 眠る"野性"を宿してる 时には锁外して 血を流せ!……”
Zero：“别唱了！”
Metis：“嗯？不喜欢听吗？真扫兴啊。”
Zero：“异常电波源就是你吗？”
Metis：“异常电波？我不懂诶，但是，在我‘海妖之Neptune’的Metis完成新歌之前，就先为你演奏最终的夜想曲吧！”（Warning）
(若被他打败)
Metis：“你就在这里好好睡一觉吧，让我用海妖般的歌声哄你入眠。”
（打败他后）
Metis：“呃……你……竟然……敢对我……做这样……的事……我绝对……不会让你……妨碍……我的艺术……Abel教授——！！！！！！”（大爆炸）
Alia：“异常解除了，你们先回来吧。”
（Mission Complete）
【Zero 得到 Metis 的 圣咏叹（Seiaria）】
【X 得到 Metis 的 海魔琴（Siren Harp）】
（剧情）
【Irregular Hunter HQ：指令室】
Zero：“Alia，有什么新的发现吗？”
Alia：“抱歉，我们还在努力搜寻，但是……”
Zero：“要是再不快点的话……”
Alia：“我知道了，我们正在尽力……但他们似乎，在这个世界上消失了。”
Zero：“这怎么可能？”
Layer：“确实如此，似乎有一种力量在阻止我们监测。”
Gate：“各位，有新发现吗？”
Alia：“Gate君，你来得正好！你知道Abel教授的研究所的具体方位吗？”
Gate：“Abel教授？他的研究所或许藏在另一个空间。”
Alia：“另一个空间？啊对了！要是找到空间扭曲的地带，就能发现线索了！”
Gate：“嗯，因为我从前也把研究所……”
Cain：“各位……Abel，他的研究所所在的空间，有Genesis保护，所以，必须用Sigma病毒突破进入，为此，老朽自作主张，唤醒了Sigma……”
众人：“Sigma！？”
Cain：“Sigma…进来见见故人吧。”
Sigma：“Zero，好久不见啦。看来你们又在为守护这个千疮百孔的世界而烦恼呢，哼哼哼…看到你们心烦意乱，我别提有多高兴了！哈哈哈哈…！”
Zero：“Sigma，我没空跟你叙旧。现在世界正受着新的威胁。”
Cain：“Abel他正在进行着毁灭世界的‘创世计划’，打算消灭所有的Repliloid，制造‘只有人类的世界’，而且，他似乎使用了Genesis的力量，而能消灭Genesis的，就只有Sigma你了……”
Sigma：“‘创世计划’吗？听上去真有趣，不过Zero同样也拥有病毒的DNA，你们唤醒我，不是多此一举吗？”
Cain：“Zero的确，也拥有病毒的DNA，但是，他却不能自由地驾驭。而你不同，Sigma，你能用病毒征服过那么多次世界，就是最好的证明。”
Zero：“这次不想征服世界了吗？”
Sigma：“征服世界？我为什么要征服世界？这本来就是我的世界嘛，哈哈哈哈哈！”
Zero：“………………”
【Stage8——墓地】
Layer：“Zero，墓地里的尸体不明原因地骚动了，你们要小心啊！”（Mission Start）
（进入墓穴内部，变得一片黑暗）
Layer：“Zero，墓穴内部有一些照明用Repliloid，可以借助它们的亮光找到通路。”
（借着亮光，进入中BOSS房间，遭遇中BOSS：丧尸Repliloid。
打败它之后，继续前进，顺着亮光，找到墓穴的出口，出去之后发生BOSS战）
灵媒钢鲨：“我不会让你打扰亡灵们的安宁！”
Bophomet：“Irregular，接受地狱的审判吧！阿努比斯天平！”
灵媒钢鲨：“呃啊啊啊啊啊！”
Zero：“住手！”
Bophomet：“看来，又有一个自己送上门的了，呵呵呵…”
灵媒钢鲨：“Zero，小心对付，他很强！”（离开）
Zero：“操纵亡灵制造骚乱，你到底居心何在？”
Bophomet：“为了创造新的世界、新的生、新的死，埋葬这个腐朽的旧世界。只有Abel教授才能引导我们到达新生，在此之前，罪人啊，就让我‘死寂之Pluto’的Bophomet送你上路吧！”
Zero：“该是我送你上路才对吧……”
（Warning）
（若被他打败）
Bophomet：“终于死了吗？你就同那些亡灵一起，在新世界到来之际接受Abel教授的最终审判吧！”
（打败他后）
Bophomet：“呜……你这家伙……难道……死不了吗……Abel教授……给予我们的……进化……无论如何……也不能被你……”（大爆炸）
Layer：“Zero，你们小心，有大量Genesis能量反应在靠近！”
Zero：“什么？！”
X：“来了！”
（无数黑色泥巴团飞来，组合成了黑泥怪）
Zero：“又是这家伙！”
Layer：“Genesis是无形的，看样子，它利用了以前的Irregular资料，Zero，它的弱点在眼睛的电子脑，小心对付！”
Zero：“不用说我也知道。”
（Warning）
（打败它后）
Layer：“异常解除了，你们先回基地来吧。”
（Mission Complete）
【Zero 得到 Bophomet 的 镇魂斩（Chinkonzan）】
【X 得到 Bophomet 的 死神镰（Death Reaper）】
（剧情）
【Irregular Hunter HQ：指令室】
Alia：“各位！已经找到Abel教授的研究所的位置了！”
Douglas：“好极了，那样，就可以阻止他了！”
Zero：“不过，Sigma那样的家伙，真的可靠吗？”
X：“不知道。”
Signas：“看来，是时候彻底阻止他了。”
Pallate：“各位，是研究所来的消息！”
（打开消息）
Abel：“Irregular Hunter的各位，你们好，如你所见，老朽正在进行一项惊天的大项目，哈哈哈…看样子，那些使徒们还是太脆弱了，不过不要紧，X、Zero啊……你们想获得终级的力量吗？”
Zero：“就算获得了，你认为我们只有互相战斗才会满足吗？”
Abel：“那么，你们难道不想…和你们的老朋友，Axl一样，接受老朽的‘洗礼’，成为使徒吗？！”
X：“什么？！”
Abel：“哈哈哈哈…看来，一切要开始发生了，老朽真的好期待啊……不过，破坏了我的防护网，侵入这里的Sigma，绝非等闲之辈，老朽得多花心思对付……”
（通讯结束）
Zero：“我们走，X！”
X：“嗯！”
【Genesis研究所：副所长室】
Noah：“Vava！立刻去守护结界！”
Vava：“属下遵命！不过，入侵结界的，到底是哪个不要命的呢？”
Noah：“Sigma…”
Vava：“什么？！”
Noah：“总之，不能让他进到这里来！”
Vava：“看来，侗Ρβ世界感兴趣的，好像不止Abel教授啊，连Sigma都出山了。好像越来越有趣了，哈哈哈哈哈哈哈！”（离开）
Dynamo：“那么，Noah大人，我去监视Vava。”
Noah：“不必了，你就帮我留意一下Zero好了，我猜他一定藏了什么秘密……”
Dynamo：“属下明白！”
