洛克人X9
序
AD 21XX年，由于地球环境的严重破坏，人类不得不探索殖民月球的雅各布计划，开发了复制芯片以及新世代思考型机械人，但是，鉴于雅各布轨道电梯管理员露明尼的异常化，复制芯片一度被人类销毁…但是，几年后，人类发现，自己如果需要让新世代思考型机械人开拓月球殖民地，就必须依靠复制芯片，为了尽早实现移民月球的计划，经由人类政府同意，复制芯片再度生产，而一切也正刚开始……
剧情：
异常猎人基地（以下简称HQ）接到人类政府首席执行官浮士德的来电，称有一伙异常者正在截获从轨道电梯上运输的重要物资，请求猎人们去夺回这些物资，于是，铁三角再次出动。
Intro Stage
雅各布轨道电梯
首先，在一开始时，三人分开行动，先使用Zero，突破后换为Axl，遭遇戴纳摩，将他打败之后继续前进，遭遇三只黑影还有一个箱子，当Axl靠近他们时，他们跑了，之后换成X，一路追击，到达BOSS房间，打败BOSS-巨大UFO。打败BOSS后，三只黑影将箱子留下，三只黑影逃走，铁三角得到装有重要物资的箱子，返回HQ。
剧情：
在取得重要物资后，爱莉雅、蕾雅、柏拉图检测到异常地点，此时再次接到浮士德的来电，称世界各地都爆发了一种能感染思考型机械人的新型病毒，为了对抗这种新型病毒，就需要制造疫苗芯片的制造机，但是这种制造机被异常者们大卸八块分成了八份藏在各地，铁三角在轨道电梯夺回的重要物资就是制造疫苗芯片的原材料。于是，铁三角开始战斗……
Stage 1
极地观测站
Part1部分，这一关都是冰，地面很滑，中BOSS遭遇冰龙，打败后进入Part2部分，在Part2部分里会出现从天而降的冰雹，但是可躲进冰屋里防御，继续前进，来到BOSS房间门前时，蕾雅提示众人检测到了制造机部件的信号，于是铁三角进入BOSS房间，遭遇BOSS霜冻海螺，霜冻海螺称人类很快会因为人类自己的行为而灭亡，新型病毒只是开始，为了夺回部件，铁三角与BOSS开战，战斗结束后，三人分别获得武器：
X：冰冻防护罩（Ice Shield）
Z：奥丁雪（Odinyuki）
A：雪吹枪（Snow Bullet）
剧情：铁三角将得来的部件传输保存到浮士德处，紧接着，爱莉雅率领HQ众开始研究新型病毒……
Stage2
硫磺地狱
这一关都是岩浆，中BOSS是豆Q变来的某只火属性的。进入BOSS房间前，柏拉图来电警告那个地带的岩浆活动开始剧烈，地面不稳定，请小心，果然，左方的地面已经变为流质，于是攀墙进入上方的BOSS房间。遭遇BOSS焦焰蝾螈，焦焰蝾螈要挟X等人如果再继续阻止他，他就把部件丢入岩浆里，还是开战了，开战过后BOSS的碎片里似乎有某样东西，铁三角将东西和部件带回HQ。
X：火车（Flame Texi）
Z：修炎罗（Shuenra）
A：焦土焰（Scorch Blaze）
剧情：经过分析发现，焦焰蝾螈体内的这种东西并非来自地球，但究竟是不是病毒还不好说，于是，HQ众还得继续调查……
Stage3
秘密设施
由爱莉雅之口得知，多普勒博士当年就是在这里开发疫苗的，中途遭遇中BOSS废品压碎机，打败后继续前进进入BOSS房间内，此时，BOSS堕雷仙鹤出现，堕雷仙鹤劝X等人现在的人类已经变了，X等人没必要再为人类卖命了，开战，战斗结束后回收了部件。
X：雷霆旋风（Thunder Cyclone）
Z：天艮刃（Tengenjin）
A：百万伏特（Million Volt）
剧情：X思考着仙鹤说过的话，这时蕾雅从月球上探测到了BOSS体内的那种东西的能量反应。而Axl额头上的蓝水晶里的东西，这时动了一下……
Stage4
空中花园
这一关是在天上，强风会阻碍行动，挡路的荆棘可以用火烧掉，来到中BOSS房间内打败食人花之后继续前进，进入BOSS房间内，BOSS长藤牡丹姬打算将地球上的所有植物都改造为和她一样的特殊生命体，并且让这些植物杀光所有人类和消耗能源的旧世代思考型机械人。开战，战斗结束后回收了部件。
X：花团炮（Flower Gun）
Z：华之乱（Kanosourann）
A：吸收藤条（Energy Vine）
剧情：正要索定月球上的能量反应的位置的时候，信号被拦截，此时基地警报器响起，戴纳摩再次潜入HQ内想将电脑里存储的资料删除。铁三角出击将戴纳摩打跑。
打败戴纳摩后
剧情：因为戴纳摩的缘故，导致之前的研究资料被破坏了大部分，不过好在疫苗制造机的部件没有被抢走。
Stage5
地下水脉
这一关的场景是在地下，顺着水流进入中BOSS房间内打败地震鲶，之后进入BOSS房间内，BOSS化石翼龙称要阻断人类的水资源，开战，战斗结束后获得部件。
X：矿石塔（Stone Tower）
Z：裂盖亚（Retsugeya）
A：碎石枪（Broke Buster）
剧情：HQ内的研究人员之中突然出现了体温迅速升高，呼吸困难的症状。西格纳斯采取措施，将这些人员隔离观察起来，鉴于HQ内部似乎也开始传染病毒了，HQ内部也变得更加紧张……
Stage6
太阳能塔
这一关是类似于雅各布轨道电梯的关，在塔的中央部遭遇中BOSS戴纳摩，戴纳摩称此次的新型病毒就是人类自己发明出来的，而且，现在复制芯片里也载有这种病毒，开战，戴纳摩跑了，继续上升，到塔顶，见到BOSS，BOSS太阳能蜉蝣抱怨戴纳摩没有结果掉X众，还称他们这些思考型机械人所做的，都是受人类指使，开战，战斗结束后获得部件。
X：太阳光束（Solar Light）
Z：天国门（Gokurakumon）
A：眩晕枪（Dizzy Cannon）
剧情：复制芯片里载有病毒这件事，西格纳斯问过浮士德，浮士德称是异常者谣言，要大家不要引起不必要的恐慌，这时，蕾雅也出现了类似的症状……
Stage7
古代博物馆
这一关很黑，如果有发光的武器就可以照亮一瞬间了，很小心的进入中BOSS房间，这时中BOSS木乃伊从棺材中坐起，开战，打败后继续前进进入BOSS房间内，BOSS暗夜狐狼诅咒人类会在雅各布计划成功时遭到报应，开战，战斗结束后获得部件。
X：灵魂收割（Soul Reaper）
Z：死符（Shifu）
A：黑暗连锁（Dark Chain）
剧情：蕾雅也被隔离观察起来之后，三名导航员还剩下两名，不过好在部件已经差不多了，只差最后一块就能制造疫苗了，众人大喜的同时柏拉图也出现了症状，而Axl这时也感觉到自己额头上有东西在蠕动……
Stage8
天文观测站
这一关的杂兵都是小UFO，在中BOSS房间内遭遇ET，打败ET之后房间位置被扭曲，进入第2阶段，在第2阶段里一切都是倒过来的，X等人看起来也像是倒着站在天花板上，来到尽头，房间位置再次扭曲，进入BOSS房间，BOSS真空不倒翁称人类太狂妄，想要借雅各布计划之名向宇宙进军，征服地外文明，X等人将他打败，得到部件后返回。
X：时空裂缝（Cronos Crack）
Z：真空波（Shinkouha）
A：时间逆流（Time Reverse）
剧情：终于将八块部件全部集齐，经过众人努力，疫苗制造机终于制造出来了，浮士德将原材料传送过来，疫苗芯片被接二连三制造出来，给大家植入这种疫苗芯片之后，大家的症状并没有得到缓解，反而更加严重，此时，荧幕上切换到熟悉的身影，露明尼，称早在一开始他就将疫苗原材料调包了，真正的原材料在他手上，如果所有人都顺从他，他就将真正的原材料给他，否则，就要被新型病毒弄死，不死也会变成异常者。浮士德委托异常猎人，一定要夺回真正的原材料，并且逮捕露明尼；为了夺回真正的原材料，挽救大家的性命，铁三角再次前往雅各布轨道电梯。
Stage9
雅各布轨道电梯
再次来到序关，路线还是一样，只不过这次的BOSS是两把巨型剑，打败它们后，电梯会继续上升，在升高的同时，剧情动画……
剧情：Zero开始怀疑一切会否是个圈套……
电梯升高到顶层，这时，这关真正的BOSS彩虹恶魔出现，将它打败之后，X等人进入空间站。
Stage10
空间站
这一关很怀念，因为会碰见很多之前打败的BOSS，一开始会碰到暴风鹰（X1）、滚轮鳄鱼（X2）、钻动犀牛（X3），进入第2阶段后会遭遇岩浆火龙（X4）、长刺玫瑰（X5），在第3阶段里会碰到无限水蚤（X6），最后第4阶段里会碰到抹杀袋鼠（X7）、暗黑螳螂（X8），在尽头BOSS戴纳摩出现，戴纳摩称他已经用复制芯片复活了所有被X众打败的异常者，现在他要让这些异常者再次出现在地球的各个角落里，X众将戴纳摩打败，戴纳摩启动了自毁程序，想与X众同归，这时，宇宙中出现华丽的大爆炸……
剧情：本以为自己会和戴纳摩一起被炸死的X众，突然发现自己已经抵达月球表面……
Stage11
月球
这一关的中BOSS房间内就是BOSSRUSH，将之前打过的X9代八大BOSS再打一次，之后剧情……
剧情：Axl突然昏倒，而Axl额头上的东西冲破了Axl的身体将Axl包围，Axl变成了异常者……X和Zero同他开战……战斗结束后，Axl恢复意识，但是他不想因为自己拖累了大家，于是X和Zero将Axl留在那里自己前去找露明尼算帐。
终于来到BOSS房间内
露明尼此时正坐在西格玛曾经坐过的位置上，高傲地蔑视着X众，X问露明尼是否复活了？听到复活二字，露明尼嘲笑X等人无知，其实之前的那个露明尼只是他做为轨道电梯管理员的替身而已，而且，他的替身露明尼早已将新型病毒的原型埋入Axl体内，并且在Axl返回地球之后，这种新型病毒就开始四处扩散，他继续说除了和他一样拥有病毒抵抗能力的新世代思考型机械人外，其余的都会因为新型病毒而逐渐沦为X众眼中的异常者，X众拿起武器，开战。
第一形态的露明尼同之前一样，会使用八BOSS的武器。
剧情：正当X众同露明尼开战时，接到HQ的来电，称爱莉雅和西格纳斯也出现了症状，异常猎人面临着解散的危险。听到这些，露明尼又笑了，称只要X众肯归顺于他，他就饶地球上的众人不死。X众不从，露明尼发飙，变为第二形态，和之前的一样。
剧情：当露明尼的第二形态被打倒之后，露明尼体内突然流出紫色的粘稠物质，这些物质逐渐变成人形，开始第三轮战斗……
战斗结束后，X众找到了藏在露明尼王座位置后面的真正的原材料箱子，与Axl一起返回地球……
剧情：得到真正的疫苗原材料之后，却发现疫苗制造机不见了，而异常猎人们也伤亡惨重，X等人不知道究竟发生了什么，原来在X众去向月球的同时，浮士德突然变脸，称异常猎人都变成了异常者，于是派兵将异常猎人们镇压。为了找浮士德问清真相，X众再次出击。
FinalStage
人类政府
虽然名曰人类政府，但在这其中，却有各式各样的异常者，来到BOSS房间内，见到首席执行官浮士德，浮士德感谢X众消灭了困扰他许久的露明尼，也祝贺X众成功回收原材料，但是让人意料之外的事是，新型病毒正是浮士德开发出来的，而露明尼只是配合他工作的傀儡。那些异常者其实也都是受他之命行动的，而雅各布计划复制芯片什么的其实也是个幌子，目的是要让他自己成为新世界的王。Zero想拿剑杀了他，浮士德窃喜，因为他知道X众不可能会对人类动手，此时，浮士德召唤他的最终武器，审判日，想将X众消灭，BOSS战开始，打败审判日之后，剧情……
剧情：浮士德称疫苗制造机已经被销毁，他要给X众也植入新型病毒，但是Axl却适时出现，并且还带着疫苗制造机，浮士德正要将疫苗制造机抢夺过来时，突然晕倒，X将他扶起，发现浮士德高烧得厉害，浮士德感到奇怪，为什么他自己是人类也会被病毒感染，二话不说，众人将他抬起送入医院……
因为得到疫苗制造机制造的疫苗芯片，众人的症状渐渐消退，HQ内部又一次活跃起来了。
另一方面，在医院里接受治疗的浮士德想确认情况，于是在自己的手臂上划了一刀，意外发现内部及其微妙的金属零件回路构造，这时，浮士德才意识到自己才是最大的傀儡…………
隐藏剧情：
数天后，浮士德失踪，人类政府再次下达了镇压异常猎人的命令……
THE END
