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转贴剧情：
Anakin已经升级为Jedi Knight，Obi已经升级为Jedi Master，并且成为Jedi十二长老议会成员。
影片开场，共和国和分离派系的数百艘战机/战舰在首都星球Coruscant上空展开大决战。Palpatine故意被敌军绑架，Obi和Anakin驾驶飞船冲进分离派系的母舰去救Palpatine，消灭了许多战斗机械人，见到半人半机械的Grievous将军，Grievous将军处决之前被俘的绝地大师Shaak Ti，Obi和Anakin大战Grievous将军，Grievous将军战败逃走，但Obi被击晕，Anakin肩扛着昏迷的Obi继续前进，直至Obi清醒过来，终于找到被束缚在座椅上的Palpatine，Dooku出现，Obi和Anakin大战Dooku，Anakin的战力已今非昔比，Dooku战败，Obi要求Anakin留活口，但Anakin还是把Dooku杀了，Palpatine开心地观赏战斗，还用言语激将Anakin，就像他在EP6中观赏Luke战Vader一样。此时，飞船失去控制，即将坠毁在Coruscant，Anakin凭借高超的飞行技能，拯救了大家。
Palpatine召开会议，命令乘胜追击，将分离派系一举歼灭，Yoda到了Wookiee猿人母星Kashyyyk，Obi去另一星球追杀Grievous将军，Anakin没得到任务，愤愤不平，认为自己被JEDI议会轻视，Palpatine乘机拉拢Anakin，把Anakin拉去当自己的私人保镖，Anakin很感激Palpatine，认为只有Palpatine才懂得赏识自己，Padme Amidala，Bail Organa，Mon Mothma 等正义议员要求Palpatine交出特别军权，Palpatine以局势仍然动荡为理由拒绝。
Mace Windu 获得情报（应该是Aayla Secura通报的），查出Palpatine很可能是暗藏的SITH，Windu和Kit Fisto去Palpatine的私人办公室找Palpatine对质，Palpatine使出强大的黑暗原力，杀掉了Kit Fisto，并与Windu相抗衡，Anakin狂暴，帮助Palpatine干掉了Windu，Palpatine宣称：JEDI已腐败无救，JEDI议会是Anakin的绊脚石，成功将Anakin诱惑入黑暗面。
Obi干掉了Grievous将军的三个机械杀手，然后骑着大蜥蜴追杀驾驶飞艇逃跑的Grievous将军，最后成功干掉Grievous将军。
Palpatine召开会议，宣传JEDI是共和国的叛徒，因为Dooku曾经是JEDI，刚才Windu还企图刺杀Palpatine，所以这一切都是JEDI在幕后操纵的，Palpatine命令歼灭JEDI，同时还宣布共和国已无法处理这一危机，应该改组为帝国。克隆军脑中早已植入了Palpatine的最高指令权限，Palpatine命令一下，克隆军不由自主地就突然向毫无防备的JEDI开火，JEDI几乎全灭，侥幸逃脱的也会在日后被Vader逐一追杀干净，Yoda在Tarfful，Chewbacca及其它Wookiee人帮助下成功消灭克隆军，Obi和克隆指挥官Cody经过多年的并肩战斗，成为了好朋友，但Cody无法抗衡脑中植入的最高指令，被迫向Obi开火，Obi只好伤心地杀了他，之后，Obi到一个地下城市去寻求某长相高大凶恶的异星人的庇护，Anakin率领克隆军冲入JEDI学院消灭了全部小学徒和留守大本营的Jedi。
Bail Organa 因为反对Palpatine称帝，被Palpatine派人暗杀，但Bail Organa经过激战逃脱，留待EP4中在死星炸毁Alderaan星球时一起化为飞灰。Palpatine交给Anakin一个新任务：去火山熔岩星球Mustafar消灭剩余的分离派系领袖，Anakin临行前告诉了Padme，Obi得知变故后赶回Coruscant，说服Padme说出了Anakin的去向，Padme坚信Anakin的良知并未完全泯灭，要一同前往，Obi不允，但Padme偷偷藏到了飞船上。Yoda在JEDI神殿与Palpatine决战，Yoda落败，逃走，但他在EP5中仍然嘴硬，坚称黑暗原力并不比光明原力强。
Obi和Padme赶到Mustafar星球时，Anakin已经杀光了所有分离派系领袖，Anakin发现是Padme把Obi领来的，感到自己被背叛，狂怒中对Padme施展原力锁喉，然后原力抛掷，Padme脑袋不幸撞到岩石，奄奄一息，Anakin与Obi的宿命之战开始，这场大战持续了很长时间，变换了若干个战斗场所，虽然Obi的战力与Anakin相比就未够班，但Anakin并没对Obi下杀手，而是猫捉老鼠般地戏弄Obi，Obi终于逮住机会，砍断Anakin的腿，将Anakin击落熔浆，Anakin全身毁损，Obi离开后，一队克隆军抵达，将濒临死亡的Anakin救走。
Yoda，Bail Organa 乘坐飞船 Blockade Runner 赶到Mustafar，载走Obi和Padme，（Blockade Runner 就是 EP IV 开场被 Star Destroyer 击毁的那艘）医疗机械人紧急接生，抢救出Luke和Leia，但Padme悲哀地死去了。
Anakin被重组为半人半机械形体，Palpatine告知Padme的死讯，Anakin狂暴，用原力摧毁了整个屋子，Anakin彻底堕入黑暗面，成为Darth Vader，“I don't fear...”是Vader的一句台词。
Padme的葬礼举行，经过商议，Yoda隐居到Dagobah星球，耐心等待新的希望，Obi带着Luke来到Tatooine星球，将Luke交由Owen和Beru夫妇抚养，Obi化名为Ben Kenobi 隐居，暗中关注着Luke的成长，（多年后，Luke为了纪念Obi，将自己的儿子命名为Ben Skywalker）Bail Organa 将 Leia 带回Alderaan星球，以自己的亲生女儿的名义抚养，C-3PO和R2-D2也被Bail Organa洗去记忆库后一起带走。
Palpatine，Vader，Tarkin 三强者站在Star Destroyer的舰桥上，观看着窗外，死星开始建造。
