第二十四話：交錯的視線
由於吉良Freedom的介入，海涅戰死沙場（他登場到底是為了什麼啊？？）。為了瞭解吉良等人行動的目的，阿斯蘭離開的密涅瓦。於是立場相反的吉良、卡嘉莉與阿斯蘭在戰場上見面了。
第二十四話追加介紹：
達達尼爾斯攻防戰之後，密涅瓦在位於馬爾馬拉海的港口進行補給和修理。阿斯蘭決定獨自去找Arch Angel。在米莉的幫助下，阿斯蘭終於見到了吉良等人，但由於對Arch Angel行動的不滿，眾人發生了爭執。同時，由於得知阿斯蘭回到了ZAFT，卡嘉莉與吉良的想法開始產生了分歧。
第二十五話：罪之所在
真等人被派去調查一處設施，結果發現此處設施是地球軍的強化人類研究所。
第二十五話追加介紹1：
按照司令部的命令，真和雷被派出調查一處不明設施。當進入該設施時，雷的身體忽然發生了異變。收到真的聯絡而趕來的密涅瓦成員，在阿斯蘭的帶領下進入了設施內部，並發現了令人震驚的景象。正當真等人正因為發現這裡是連合軍強化人研究所而感到驚訝時，一架機體偷偷潛入了····
第二十五話追加介紹2：
真和雷奉命到位於馬爾馬拉近海的一座孤島上的可疑設施進行調查。發現那個設施是地球聯合軍的強化人研究所。正當真對毫無人道可言的人體試驗紀錄感到憤怒時，他在記錄中發現了史黛拉的照片。
第二十六話：約定
秘密潛入的黑色機體，正是由真在海邊遇到的史黛拉所駕駛的Gaia。真擅自將狂亂的史黛拉送入醫療室後驚訝的發現史黛拉的記憶已經被消除，而她也正是研究所中X-Data中所記載的強化人。這時拉克絲向吉良提出要返回PLANT的請求。
第二十六話追加介紹：
從馬爾馬拉海港口出港的密涅瓦受到了Phantom Pain部隊的襲擊。 真駕駛著IMPULSE與史黛拉的GAIA陷入苦戰。而另一方面的Arch Angel，為了從議長那直接瞭解拉克絲的暗殺事件的真相，拉克絲和安東留·巴爾德菲爾德決定離艦前往PLANT。
第二十七話：無法傳達的思念
史黛拉終於在密涅瓦上的醫務室裡睡著了。對於史黛拉的症狀，連ZAFT的醫療技術也無法治療。而真只能悲傷的在一旁默默注視著。
於此同時，奧布·連合軍制定了在馬爾馬拉海南部的襲擊密涅瓦的作戰計劃。監聽到了兩軍通迅的Arch Angel也決定前往。
第二十七話追加介紹：
由於史黛拉是Gaia駕駛員的事實，真受到了相當的打擊。阿斯蘭也因為想起的Arch Angel上的卡嘉莉而十分苦惱。另一方面，孤注一擲的奧布·連合軍帶著新配備的MA再次對密涅瓦發動攻擊·····
第二十八話：殘留的生命，散落的生命
在海上陷入苦戰的密涅瓦，由於Arch Angel的出現擺脫了危機。但對於Arch Angel的擅妆Ρπ動極為不滿的真的憤怒終於爆發了。而搶先截住像鬼神一般不斷擊落敵機的吉良的則是阿斯蘭。阿斯蘭和吉良，這對昔日好友將要再次拔刀相向··
版本2(26-32)
26話「存在的證明」
迪安卡再次見到伊薩克而高興(自註：怎麼回事啊...)，但是伊薩克卻對於作戰失敗而感到自責(自註：看不太懂這段...)
(中間這段我看不懂啦...有亂碼...)
PhamtonPain決定和智慧女神號做背水一戰，尼歐對史汀下達了「如果作戰失敗該如何做」的指令。
27話「重複的過錯」
PhamtomPain以壓倒性的數量攻擊智慧女神號，此時伊薩克帶來了他所持有未完成MS的資料，而煌發覺這個MS的能源必須是核引擎才能啟動，PLANT就把核能引擎重新製造並送入了這場戰爭(自註：我還是看不太懂最後一段...)。
28話「狂戰士Berserk」
讓自己力量覺醒的真卻開始暴走，使得Abyss和Chaos被擊墜，但是暴走的真無視妲莉亞發出的回艦命令而繼續破壞敵機，於是阿斯蘭決定出動制止他，就在Saviour即將被破壞的同時幫阿斯蘭檔下攻擊的是露娜的紅色薩克...？
29話「停止的時間」
最後暫止Impulse暴走的是煌駕駛的Freedom，但是真依然不顧一切的攻擊煌，察覺到這場混亂的尼歐下令做出最後的逆襲，阿斯蘭則把資料賭命的轉送給煌，妲莉亞也決定撤退。
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30話「受傷的戰士」
煌賭命的利用超接近戰終於讓Impulse無法繼續�\作，但是煌自己也受了重傷，兩艘戰艦也撤退了，卡佳里則將損壞的Freedom和Impulse送回到大天使號，此時甦醒的真對於自己鑄下的大錯慟哭著。
31話「戰鬥的理由」
在戰鬥中受到損害的智慧女神號停留在一個小島，此時美玲一直待在面臨生死關頭的露娜旁邊看護著她，阿斯蘭則聽到了霍克姊妹的對話；至於被軟禁在大天使號的真則逃出了他的房間，卻被一道歌聲引到了一個房間。
就像是被命�\領導一般。
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32話「編織命�\之物」
聯合軍再一次找到智慧女神號，阿斯蘭則出面迎擊，但是智慧女神號已經到了彈盡糧絕的地步，真為了救出智慧女神號，對其他人希望能請求援助，但是瑪琉因覺得大天使號現在介入戰爭也有危險而否決了真的懇求，煌從真的行動中感覺到了未來，遂托付給他MS，那是從Freedom上移植核能引擎的新型MS。
