由于非正规战争的不断爆发，地球生存环境不断恶化，资源全面枯竭，引发人类有史以来最严重的生存危机，导致人类与半机械人矛盾新一轮激化。
在人类政府新一轮大选中，主张用集权手段压制半机械人、为人类争取更多生存空间的候选人Weil（据调查是Viva伪装）得到人类的拥护，以绝对优势上台。
针对半机械人的不信任法案提请并得到通过，半机械人的数量、生存空间等受到一系列限制。与此同时，为从根本上解决能源问题，“Mass Project”启动，其目的是通过研究脱离载体存在的程序“Cyber Elf”实现质能的无限转化。
半机械人反对不信任法案的斗争不断高涨，与人类爆发激烈冲突，大量半机械人被定为非正规者被反乱猎人处决。
半机械人对人类的袭击事件不断发生，Weil在府邸内遇刺(尸体失踪)，凶手为S级反乱猎人Zero。
在反乱猎人基地内，Zero被察知被不明程序所控制，在Signas的建议下，Zero的记忆被移植到新的身体内（用X的设计图纸开发），旧躯体连同Zero病毒被封印在基地地下室内。
AXL发生暴走（原因不明），抢走Zero本体脱出反乱猎人总部后行踪不明。
Neo Repliforce建立，开始对人类聚居地大举进攻。
人类发表反抗暴力声明，组织军队开始应战。
局面混乱中，AXL突袭位于人类聚居地的重犯监狱（专门冷冻为法律无法判决的重罪犯人所设的监狱），将冷冻的Willy救出。
在Willy某处实验室的遗址内，AXL、Zero、Viva将内存中储存的Willy记忆移回其脑中，Willy化名Weil复出。
Weil的回归使人类士气高涨，“Mass Project”变更由Weil亲自主持，针对半机械人的作战用Cyber Elf实验成功并量产。
“Elf War”全面爆发，战争用对Neo Repliforce造成毁灭性打击，被编入人类军队参战。X、Zero脱出反乱猎人被列为背叛者，转战各地调查真相。
Neo Repliforce研制对人类用Cyber Elf投入实战，“Elf War”进入相持阶段。
Weil利用Sigma的身体加上AXL与Vlva的零件制成Omega，究级Cyber Elf“Mass Elf”研制成功，为方便控制被改造为“Dark Elf”，旧Zero的身体被重新编程与Dark Elf融合后成为Omega的核心。
Omega开始屠杀已经两败俱伤的人类和半机械人，在Signas的推动下，人类与Neo Repliforce残部达成联盟，共同对抗Omega和Weil。
X和Zero打倒Omega，“Elf War”结束，反乱猎人和Neo Repliforce在战争中破灭，90%的半机械和60%的人类人死亡。
X用身体将Dark Elf封印，Zero在反乱猎人基地的地下室中休眠。
数量占绝对优势的人类建立Neo Arcadea，确立以人类为主导的统治秩序，战争元凶Weil被半机械化后流放。
Ciel在Neo Arcadea授权下，与Unknown X（X的Cyber Elf形态）开发X的替代Copy X并取得成功。
Copy X的程序在Neo Arcadea的高层干预下被修改，Weil的理念被进一步实践。
Ciel因不满Neo Arcadea对半机械人专制被Neo Arcadea放逐，半机械人反抗组织收留Ciel 。
Ciel与反抗组织遭到Neo Arcadea的追杀，在无意中进入反乱猎人基地的废墟，Zero被Ciel发现后启封。
（Rockman Zero剧情开始）
(未完待续)
