在第N次非正规战争中，X使用黑暗电子精灵消灭了SIGMA，结束了100年来的非正规战争。
随后，ZERO为了不让自己的DNA被人滥用而主动要求封印自己。
又过了几年，AXL机能停止。
X成立NEO·ARCADIA。
但是OMEGA引发了“妖精战争”。X再度使用黑暗电子精灵结束“妖精战争”
接着由于黑暗电子精灵被拜鲁博士诅咒而真的“黑暗”了
X就以自己的身体封印黑暗精灵，灵魂以UNKNOWN-X的形态继续存在
NEO·ARCADIA在消息传出之前请求CIEL制造COPY-X
COPY-X完成，但没想到发生了思考故障，疯狂追杀半机器人
CIEL在忍无可忍的情况下成立反对派，决定寻找ZERO
于是，Z系列的故事发生了
